Разработчики из студии Team Ninja объяснили, почему Ninja Gaiden (2004) и Ninja Gaiden (2008) в сборнике Ninja Gaiden: Master Collection основаны на Sigma-версиях, подвергшихся цензуре. Как выяснилось, исходный код оригинальных версий был утерян. В интервью для японского журнала Famitsu глава Team Ninja и ведущий разработчик Nioh 2 Фумихико Ясуда (Fumihiko Yasuda) рассказал, что создатели решили взять за основу Sigma-версии не только потому, что на данный момент это последние переиздания игр. Студия не смогла восстановить исходный код Ninja Gaiden и Ninja Gaiden Black для оригинальной Xbox и базовой Ninja Gaiden 2 для Xbox 360.