Журналисты портала Nintendo Everything обратили внимание на пропажу из ассортимента товаров цифрового магазина Nintendo eShop оригинальной Pikmin 3 для консоли Nintendo Wii U. Изъятие цифрового издания Pikmin 3 из продажи совпало с презентацией Pikmin 3 Deluxe для Nintendo Switch — расширенной и улучшенной версии приключенческой стратегии образца 2013 года.